1955年，為改變?nèi)嗣袢罕娙贬t(yī)少藥現(xiàn)狀，東莞縣人民政府決定由縣財(cái)政撥款組建國營東莞縣藥品公司，并定址城區(qū)阮涌路47號。東莞人民群眾習(xí)慣稱為“國藥”。1984年改稱為東莞縣醫(yī)藥聯(lián)合公司，1987年改稱為東莞市醫(yī)藥總公司。至1987年，先后共成立31家國營醫(yī)藥公司和1家生產(chǎn)企業(yè)，率先將供藥網(wǎng)絡(luò)延伸至各鎮(zhèn)區(qū)。1990年增掛“東莞市醫(yī)藥管理局”牌子。2001年，組建東莞國藥藥業(yè)連鎖有限公司，注冊“東莞國藥”新商標(biāo)，大力發(fā)展直營連鎖，實(shí)施品牌戰(zhàn)略。同年5月，成立東莞市國藥質(zhì)量檢測中心，并于2006年獲發(fā)中國合格評定國家認(rèn)可委員會頒發(fā)的“實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可證書”。中心堅(jiān)持對東莞國藥系統(tǒng)內(nèi)首營品種進(jìn)行檢測，有效將1326個假劣藥拒于“國藥”門外，保證人民用藥安全。2002年，組建大型藥品配送中心和中藥飲片配送中心，占地面積4.4萬平方米。實(shí)施電腦化管理，統(tǒng)一購進(jìn)，集中配送。2004年，完成企業(yè)轉(zhuǎn)制工作，將廣東省東莞市醫(yī)藥總公司與東莞國藥藥業(yè)連鎖有限公司合并，更名為廣東省東莞國藥集團(tuán)有限公司，并成立董事會與監(jiān)事會，成為東莞市唯一一家國有控股醫(yī)藥企業(yè)，隸屬東莞市國有資產(chǎn)監(jiān)督管理委員會。2018年，東莞國藥引入廣東益建集團(tuán)（正道地）資本。

截至2020年，東莞國藥旗下有31家分公司，7個中心、2家中藥飲片廠和1500多間直營連鎖藥店，居于全國零售行業(yè)前列。

近年來，東莞國藥集團(tuán)的中藥產(chǎn)品不斷研發(fā)創(chuàng)新，實(shí)現(xiàn)新發(fā)展。

中藥飲片生產(chǎn)逐步實(shí)現(xiàn)從有硫到無硫。2009年，東莞國藥公司與產(chǎn)地合作，運(yùn)用現(xiàn)代科技，研發(fā)出新一代系列無硫中藥飲片。投放市場后，深受消費(fèi)者歡迎，銷量從初期的每月5萬多元增加到現(xiàn)在的每月350多萬元。

研制出五花茶涼茶飲料。東莞地處嶺南地區(qū)，常年高溫高濕的氣候容易使人們產(chǎn)生濕熱癥狀。在實(shí)踐中，東莞國藥組制“五花茶”，提供給群眾到藥店購買回家煎服，深受歡迎。

改進(jìn)傳統(tǒng)炮制工藝，提高生產(chǎn)效率。中藥的加工炮制，過去一直是手工操作，由于工藝復(fù)雜，每個環(huán)節(jié)都要精確把握，否則很容易產(chǎn)生不合格品。近年來，東莞國藥經(jīng)過反復(fù)探索，實(shí)現(xiàn)用機(jī)器炮制，不但產(chǎn)品質(zhì)量穩(wěn)定，而且產(chǎn)量得到大幅提高。

鹿茸薄片的質(zhì)量控制，實(shí)現(xiàn)從定性到定量。1991年東莞國藥通過反復(fù)試驗(yàn)和大量數(shù)據(jù)，制定《鹿茸薄片內(nèi)控質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)》。

適應(yīng)醫(yī)改變化，推行中藥“微包”配方，使醫(yī)院不再需要手抓中藥厘戥稱重調(diào)配處方，提高工作效率和準(zhǔn)確性。同時創(chuàng)新“微粉”工藝，使之更容易吸收。