2005年，為提高我國(guó)男科的學(xué)術(shù)水平和臨床診療水平，滿足學(xué)科建設(shè)和男科疾病診療需要，在郭應(yīng)祿院士的直接組織領(lǐng)導(dǎo)下，北大醫(yī)院男科中心正式成立運(yùn)行。北大醫(yī)院男科中心擁有中西醫(yī)男科學(xué)專家，集醫(yī)療、教學(xué)、科研為一體，男科學(xué)發(fā)展進(jìn)入規(guī)?；?、規(guī)范化的迅速發(fā)展階段。

醫(yī)療工作主要針對(duì)男性性功能障礙、男性不育癥、男性生殖器畸形、前列腺疾病、性腺功能障礙、生殖系感染、性傳播疾病、男性計(jì)劃生育、男性更年期綜合癥、男性生殖系統(tǒng)腫瘤等等，包括門(mén)診、輔助檢查、病房及手術(shù)室四個(gè)區(qū)域，設(shè)有藥劑科、檢驗(yàn)科、心電圖室、超聲室、放射科、尿動(dòng)力學(xué)檢查室、男女性功能檢查室、電生理室、骨密度檢查室、膀胱鏡檢查室等，主要檢查設(shè)備包括島津多功能數(shù)字化遙控X光診斷系統(tǒng)、GE數(shù)字彩色超聲診斷系統(tǒng)、Laborie和Medtronic影像尿動(dòng)力測(cè)試儀、Medtronic盆底肌電診斷儀、Lunar雙能X線骨密度儀、RigiScan陰莖硬度測(cè)量?jī)x、MEDOC定量感覺(jué)障礙測(cè)定儀、全自動(dòng)血、尿、精液、全自動(dòng)酶聯(lián)免疫分析儀等，治療系統(tǒng)包括泌尿男科腔鏡診斷治療系統(tǒng)（包括全數(shù)字化膀胱尿道鏡、尿道內(nèi)切開(kāi)鏡、前列腺電切鏡和腹腔鏡）；Laborie和Medtronic生物反饋治療系統(tǒng)；男女性功能障礙治療系統(tǒng)；CO2激光治療系統(tǒng)；全套數(shù)字化重癥監(jiān)護(hù)系統(tǒng)；顯微外科專用手術(shù)設(shè)備等，常規(guī)開(kāi)展陰莖假體植入、陰莖背深靜脈結(jié)扎、陰莖背神經(jīng)矯形、顯微鏡下輸精管-輸精管吻合和附睪輸精管吻合、男性外生殖器整形等男科特色手術(shù)。至今北大醫(yī)院男科中心已經(jīng)成為國(guó)內(nèi)公立醫(yī)院中規(guī)模大、設(shè)備齊全的治療水平較高的單位。