其任務(wù)主要有二方面:一是實(shí)行科學(xué)研究;二是指導(dǎo)、聯(lián)絡(luò)、獎(jiǎng)勵(lì)學(xué)術(shù)研究。設(shè)有特任級(jí)院長(zhǎng)一人,其下設(shè)行政、研究、評(píng)議三機(jī)構(gòu)。
理、化、工三研究所設(shè)在上海,其余各所均設(shè)于南京,并在南京成賢街舊法制局內(nèi)設(shè)立總辦事處(北極閣新址落成后,辦事處遷往新址辦公),以辦理全院一般行政事宜。抗戰(zhàn)期間,中央研究院各研究所分設(shè)于重慶、北碚、李莊、昆明四區(qū)??箲?zhàn)勝利后,數(shù)學(xué)研究所籌備處、物理研究所、化學(xué)研究所、動(dòng)物研究所、植物研究所、醫(yī)學(xué)研究所籌備處、工學(xué)研究所、心理學(xué)研究所等八單位,暫設(shè)于上海,總辦事處及天文、地質(zhì)、氣象、歷史語(yǔ)言、社會(huì)科學(xué)等五研究所,共六單位,設(shè)于南京。
中央研究院設(shè)院長(zhǎng)一人,綜理全院行政事宜一人,承院長(zhǎng)之命,處理全院行政事宜。研究所設(shè)所長(zhǎng)務(wù),并指導(dǎo)研究事宜。綜理所中央研究院的首任院長(zhǎng)是蔡元培,繼任院長(zhǎng)為朱家驊??偢墒孪群鬄闂钚臃?、丁文江、朱家驊、任鴻雋、傅斯年、葉企孫、李書(shū)華、薩本棟和錢(qián)臨照。
中央研究院設(shè)有學(xué)術(shù)評(píng)議會(huì),為民國(guó)高學(xué)術(shù)評(píng)議機(jī)構(gòu)。1935年6月19日,成立第一屆評(píng)議會(huì)。1948年4月1日,中央研究院第二屆評(píng)議會(huì)第五屆年會(huì)選舉產(chǎn)生第一屆院士81人,其中數(shù)理組院士28人,生物組院士25人,人文組院士28人。
1948年12月,中央研究院開(kāi)始向臺(tái)灣搬遷。除總辦事處、數(shù)學(xué)以及歷史語(yǔ)言研究所較完整地遷臺(tái)外,其余各研究所大都留在南京和上海。在中央研究院81名院士中,遷至臺(tái)灣的僅有凌鴻勛、林可勝、傅斯年、董作賓、李濟(jì)、王世杰、吳稚暉7人,在國(guó)外的有陳省身、李書(shū)華、趙元任、汪敬熙、胡適、吳大猷等12人,其余五十余人(除薩本棟等人去世外)均留在了大陸。1949年10月,中央研究院留在大陸的各機(jī)構(gòu)都被中國(guó)科學(xué)院接收。
北京東路39號(hào)(原雞鳴寺路1號(hào))是中央研究院總辦事處以及地質(zhì)研究所、歷史語(yǔ)言研究所和社會(huì)科學(xué)研究所所在地。
總辦事處大樓坐北朝南,是一座仿明清宮殿式的建筑。大門(mén)兩側(cè)及圍墻東側(cè)共建有三座方形攢尖頂警衛(wèi)室,其風(fēng)格與大樓一致。大樓建于1947年,由基泰工程司楊廷寶建筑師設(shè)計(jì),新金記康號(hào)營(yíng)造廠建造。大樓高三層,建筑面積3000平方米,鋼筋混凝土結(jié)構(gòu),單檐歇山頂,屋面覆蓋綠色琉璃筒瓦,梁枋和檐口部分均仿木結(jié)構(gòu),漆以彩繪,清水磚墻,花格門(mén)窗,建筑外形具有濃郁的民族風(fēng)格。
大樓建筑平面呈"T"字形,入口處建有二層門(mén)廊及裝飾門(mén)套,經(jīng)過(guò)穿堂來(lái)到后面突出部分,便是一座三層書(shū)庫(kù);前樓西側(cè)建有小型演講廳,為學(xué)術(shù)活動(dòng)場(chǎng)所;前樓中間部分采用內(nèi)廊式布置,內(nèi)廊南北兩側(cè)為辦公、科研用房。
地質(zhì)研究所,位于中央研究院總辦事處大樓的西北方,現(xiàn)為中國(guó)科學(xué)院南京地質(zhì)古生物研究所和古生物陳列室所在地。
地質(zhì)研究所大樓門(mén)朝東南,是一座仿明清宮殿式建筑。樓前有兩層石階,石階之間有一座休息小平臺(tái),石階上部為一大平臺(tái),大樓就建在這個(gè)大平臺(tái)上。大樓由基泰工程司建筑師楊廷寶設(shè)計(jì),朱森記營(yíng)造廠承建。大樓建于1931年,依山而建,高二層,鋼筋混凝土結(jié)構(gòu),建筑面積約一千平方米,建筑平面呈"凸"字形。單檐歇山頂,屋面覆蓋綠色琉璃瓦,梁枋及檐口部分為仿木結(jié)構(gòu),漆以彩繪。大樓前部,建有一座亭式門(mén)廊,兩側(cè)有欄桿,門(mén)廊雕梁畫(huà)棟。一樓中部設(shè)有地質(zhì)標(biāo)本陳列室,其余為制作、資料、科研、辦公用房。在大樓東南角地下室內(nèi),建有鍋爐房。1932-1937年李四光曾在此主持工作。1951-1953年李四光曾擔(dān)任該所所長(zhǎng)。
位于中央研究院大院內(nèi)總辦事處大樓的正北面,現(xiàn)為中國(guó)科學(xué)院南京地質(zhì)古生物研究所。
大樓為仿明清宮殿式建筑,由基泰工程司建筑師楊廷寶設(shè)計(jì),六合營(yíng)造廠承建。大樓建于1936年,高三層,鋼筋混凝土結(jié)構(gòu),建筑面積1700平方米。建筑平面呈長(zhǎng)方形,單檐歇山頂,屋面覆蓋綠色琉璃瓦,外墻上部為清水青磚墻,下部采用水泥仿假石粉刷。大樓朝南,入口處建有一座仿木結(jié)構(gòu)的單層門(mén)廊。在大樓的東西兩側(cè),各辟有一個(gè)側(cè)門(mén)。大樓兩端為閱覽室和小型書(shū)庫(kù),其余部分為辦公、研究用房。
位于中央研究院總辦事處大樓的東北面,現(xiàn)為中科院南京地質(zhì)古生物研究所辦公樓。大樓建于1931年,高三層,人字頂,紅磚墻,坐北朝南,西南角有蔡元培先生題寫(xiě)的奠基碑。
1993年,中央研究院建筑群被列為南京市文物保護(hù)單位。