在西方，摩尼在世時(shí)，摩尼教已經(jīng)傳播到敘利亞、巴勒斯坦和埃及。公元300年左右，摩尼教徒在埃及已經(jīng)頗有聲勢(shì)，以致于哲學(xué)家里科普里斯的亞歷山大覺得有必要撰文與其論戰(zhàn)。摩尼教又從埃及傳播到北非和西班牙，從敘利亞傳播到小亞細(xì)亞，再?gòu)哪抢飩鞑サ较ＥD、亞德里亞海東岸、意大利和高盧。這些地方當(dāng)時(shí)均在羅馬帝國(guó)統(tǒng)治之下，摩尼教遭到政府的粗暴迫害?；实鄞骺死锵褥?97年發(fā)布著名的詔書，命令非洲總督鎮(zhèn)壓摩尼教?；浇坍?dāng)時(shí)也遭到戴克里先的迫害，但是不久即取得國(guó)教地位，將摩尼教視為最危險(xiǎn)的對(duì)手，不遺余力地從教俗兩方面進(jìn)行斗爭(zhēng)。執(zhí)事馬克（Mark the Deacon）寫的加沙主教波菲里（Porphyry, the Bishop of Gaza）傳中，記載了375年波菲里與摩尼教女信徒、來(lái)自安條克的朱莉婭（Julia）的一場(chǎng)辯論。圣奧古斯?。?54－430）則記載了他與摩尼教徒福圖那圖斯、費(fèi)利克斯的辯論。這些辯論正是基督教與摩尼教斗爭(zhēng)的典型例子。著名的希臘文教義之正式聲明說(shuō)明遲至九世紀(jì)，摩尼教仍然在西方活動(dòng)。不過(guò)1000年以后，在西方就不再看到關(guān)于他們的記載了。

歐洲中世紀(jì)出現(xiàn)過(guò)所謂新摩尼教，比如，7世紀(jì)亞美尼亞的保羅派（Paulicians）、10世紀(jì)保加利亞的鮑格米勒派（Bogomilists）、和12世紀(jì)法國(guó)南部的阿爾比派（Albigensians），都有類似摩尼教之處，可能曾受其影響。但是很難確定它們與摩尼教之間的直接歷史聯(lián)系。

在東方，薩珊王朝時(shí)期（224－651）摩尼教在波斯本土不斷遭到血腥迫害，它的主要力量逐漸匯聚到中亞烏滸水（Oxus，今阿姆河）流域。粟特城市薩秣建（撒馬爾干）和赭時(shí)（塔什干）成為摩尼教傳播的重要基地。六世紀(jì)末，中亞摩尼教團(tuán)在撒特－奧爾米茲（Sad-Ohrmizd）領(lǐng)導(dǎo)下，與巴比倫的領(lǐng)袖分裂，以電那勿（Denawars）派的名稱獨(dú)立。這種分裂狀態(tài)到八世紀(jì)初才結(jié)束，中亞重新接受巴比倫法王米爾（Mihr，約710－740）的領(lǐng)導(dǎo)。七世紀(jì)中葉，穆斯林征服波斯以后，摩尼教徒的處境有所改善，伍麥葉王朝（661－750）讓他們和平地活動(dòng)，可能根本沒有怎么注意他們。阿拔斯王朝時(shí)期（750－1258），許多摩尼教文獻(xiàn)被翻譯成阿拉伯文，比如，伊本－穆蓋法耳（757年卒）曾把摩尼的幾本著作翻譯成阿拉伯文，比魯尼和奈丁就是在一些摩尼教著作阿拉伯文譯本的基礎(chǔ)上，撰寫摩尼教歷史的。同時(shí)，阿拔斯王朝恢復(fù)了薩珊王朝反摩尼教的做法，譴責(zé)許多波斯血統(tǒng)的翻譯者是摩尼教的同情者。在麥海迪（775－785）和穆格臺(tái)迪爾（908－932）統(tǒng)治時(shí)期，設(shè)立了專門處置異教徒（主要是摩尼教徒）的機(jī)構(gòu)，無(wú)情地對(duì)摩尼教徒進(jìn)行迫害。967年前奈丁在首都巴格達(dá)親身認(rèn)識(shí)三百個(gè)摩尼教徒，但是，當(dāng)他寫作《群書類述》時(shí)，只有五個(gè)還留在首都，可見迫害之激烈?？赡芄?000年左右，摩尼教徒在伊拉克就滅絕了。