在西方，摩尼在世時，摩尼教已經(jīng)傳播到敘利亞、巴勒斯坦和埃及。公元300年左右，摩尼教徒在埃及已經(jīng)頗有聲勢，以致于哲學(xué)家里科普里斯的亞歷山大覺得有必要撰文與其論戰(zhàn)。摩尼教又從埃及傳播到北非和西班牙，從敘利亞傳播到小亞細亞，再從那里傳播到希臘、亞德里亞海東岸、意大利和高盧。這些地方當(dāng)時均在羅馬帝國統(tǒng)治之下，摩尼教遭到政府的粗暴迫害?；实鄞骺死锵褥?97年發(fā)布著名的詔書，命令非洲總督鎮(zhèn)壓摩尼教?；浇坍?dāng)時也遭到戴克里先的迫害，但是不久即取得國教地位，將摩尼教視為最危險的對手，不遺余力地從教俗兩方面進行斗爭。執(zhí)事馬克（Mark the Deacon）寫的加沙主教波菲里（Porphyry, the Bishop of Gaza）傳中，記載了375年波菲里與摩尼教女信徒、來自安條克的朱莉婭（Julia）的一場辯論。圣奧古斯丁（354－430）則記載了他與摩尼教徒福圖那圖斯、費利克斯的辯論。這些辯論正是基督教與摩尼教斗爭的典型例子。著名的希臘文教義之正式聲明說明遲至九世紀(jì)，摩尼教仍然在西方活動。不過1000年以后，在西方就不再看到關(guān)于他們的記載了。

歐洲中世紀(jì)出現(xiàn)過所謂新摩尼教，比如，7世紀(jì)亞美尼亞的保羅派（Paulicians）、10世紀(jì)保加利亞的鮑格米勒派（Bogomilists）、和12世紀(jì)法國南部的阿爾比派（Albigensians），都有類似摩尼教之處，可能曾受其影響。但是很難確定它們與摩尼教之間的直接歷史聯(lián)系。

在東方，薩珊王朝時期（224－651）摩尼教在波斯本土不斷遭到血腥迫害，它的主要力量逐漸匯聚到中亞烏滸水（Oxus，今阿姆河）流域。粟特城市薩秣建（撒馬爾干）和赭時（塔什干）成為摩尼教傳播的重要基地。六世紀(jì)末，中亞摩尼教團在撒特－奧爾米茲（Sad-Ohrmizd）領(lǐng)導(dǎo)下，與巴比倫的領(lǐng)袖分裂，以電那勿（Denawars）派的名稱獨立。這種分裂狀態(tài)到八世紀(jì)初才結(jié)束，中亞重新接受巴比倫法王米爾（Mihr，約710－740）的領(lǐng)導(dǎo)。七世紀(jì)中葉，穆斯林征服波斯以后，摩尼教徒的處境有所改善，伍麥葉王朝（661－750）讓他們和平地活動，可能根本沒有怎么注意他們。阿拔斯王朝時期（750－1258），許多摩尼教文獻被翻譯成阿拉伯文，比如，伊本－穆蓋法耳（757年卒）曾把摩尼的幾本著作翻譯成阿拉伯文，比魯尼和奈丁就是在一些摩尼教著作阿拉伯文譯本的基礎(chǔ)上，撰寫摩尼教歷史的。同時，阿拔斯王朝恢復(fù)了薩珊王朝反摩尼教的做法，譴責(zé)許多波斯血統(tǒng)的翻譯者是摩尼教的同情者。在麥海迪（775－785）和穆格臺迪爾（908－932）統(tǒng)治時期，設(shè)立了專門處置異教徒（主要是摩尼教徒）的機構(gòu)，無情地對摩尼教徒進行迫害。967年前奈丁在首都巴格達親身認識三百個摩尼教徒，但是，當(dāng)他寫作《群書類述》時，只有五個還留在首都，可見迫害之激烈?？赡芄?000年左右，摩尼教徒在伊拉克就滅絕了。