國清寺始建于唐憲宗時(806-820年),開山祖師名為行滿,是天臺山國清寺的第十代祖師,故此寺與之同名,為中國佛教最早宗派天臺宗的一脈。國清寺歷經(jīng)戰(zhàn)火,屢次遭損,民國15年(1926年)南通張謇等人發(fā)起募化重修大雄寶殿、金剛殿、藏經(jīng)樓等處,1946年冬月,因戰(zhàn)爭拆除天王殿部分和藏經(jīng)樓、西廂房,保留大雄寶殿,1968年被拆除寺廟全部建筑,基址上建成機關和民居。
現(xiàn)在的國清寺為重建建筑,遷建于掘港西南隅古芳泉廟遺址,寺廟東園依中軸線建造了牌坊、山門、照壁、天王殿、大雄寶殿、藏經(jīng)樓、丈室;兩側(cè)建有釋迦殿、四大名山殿、千佛殿、大圣殿、文昌殿、東岳殿、土地祠、龍王殿以及鐘樓、祖堂、客堂、僧寮等。其殿堂齊全,布局合理,層次分明,朱紅色圓柱、杏黃色粉墻、麻石板地面,配以雕梁畫棟、翹檐飛角,造型雄偉壯觀。
原國清寺遺址總面積約15000平方米,是與日本第十三次遣唐使相關的近海唯一一處明確可指的文化遺產(chǎn),也是國內(nèi)目前所知唯一見證日本遣唐使的考古遺跡,現(xiàn)已辟為掘港國清寺遺址公園。