在生活污水、食品加工和造紙等工業(yè)廢水中，含有碳水化合物、蛋白質、油脂、木質素等有機物質。這些物質可通過水中微生物的生物化學作用而分解，水中溶解氧耗盡后，有機物進行厭氧分解，產生硫化氫、氨和硫醇等難聞氣味，使水質進一步惡化。

植物營養(yǎng)物主要指氮、磷等能刺激藻類及水草生長、干擾水質凈化，使BOD5升高的物質。水體中營養(yǎng)物質過量所造成的“富營養(yǎng)化”對于湖泊及流動緩慢的水體所造成的危害已成為水源保護的嚴重問題。

有毒污染物指的是進入生物體后累積到一定數(shù)量能使體液和組織發(fā)生生化和生理功能的變化，引起暫時或持久的病理狀態(tài)，甚至危及生命的物質；如重金屬和難分解的有機污染物等。

石油進入水體后的危害是多方面的，如在水上形成油膜，能阻礙水體復氧作用；油類粘附在魚鰓上，可使魚窒息；粘附在藻類、浮游生物上，可使它們死亡；油類會抑制水鳥產卵和孵化，嚴重時使鳥類大量死亡；石油污染還能使水產品質量降低。

放射性污染物主要來源于核動力工廠排出的冷卻水，向海洋投棄的放射性廢物，核爆炸降落到水體的散落物，核動力船舶事故泄漏的核燃料；開采、提煉和使用放射性物質時，如果處理不當，也會造成放射性污染。

熱污染是一種能量污染，它是工礦企業(yè)向水體排放高溫廢水造成的。一些熱電廠及各種工業(yè)過程中的冷卻水，若不采取措施，直接排放到水體中，水中化學反應使某些有毒物質的毒性提高，影響魚類的生存和繁殖，加速某些細菌的繁殖。

各種酸、堿、鹽（鹽污染主要來自生活污水和工礦廢水以及某些工業(yè)廢渣）等無機物進入水體，使淡水資源的礦化度提高，影響各種用水水質。水體中無機鹽增加能提高水的滲透壓，對淡水生物、植物生長產生不良影響。