據史載，商族始祖契佐禹治水有功，封于商，后遷徙，后人便稱商族人居住過的廢墟之地為“商丘”。公元前24世紀，帝顓頊曾建都于商丘。唐天寶元年（742年），置睢陽郡，屬河南道。明朝洪武元年（1368年），降府為州，屬開封府。1948年11月，解放后為豫皖蘇第一行政區(qū)。1949年3月，改為河南省商丘專區(qū)。1968年，改為商丘地區(qū)。1997年6月，撤地設商丘市。

截至2023年12月31日，商丘市下轄梁園區(qū)、睢陽區(qū)、民權縣、睢縣、寧陵縣、柘城縣、虞城縣、夏邑縣2區(qū)6縣、1個省直管縣級市永城市。

商丘市縣級以下行政區(qū)劃變更情況：

撤鄉(xiāng)設街道：撤銷城郊鄉(xiāng)，新設鳳城街道，現區(qū)劃代碼：411422001（2022年調整）

撤鄉(xiāng)設街道：撤銷董店鄉(xiāng)，新設董店街道，現區(qū)劃代碼：411422002（2022年調整）

撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)：撤銷包公廟鄉(xiāng)，新設包公廟鎮(zhèn)，現區(qū)劃代碼：411403110（2022年調整）

撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)：撤銷臨河店鄉(xiāng)，新設臨河店鎮(zhèn)，現區(qū)劃代碼：411403111（2022年調整）

撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)：撤銷李莊鄉(xiāng)，新設李莊鎮(zhèn)，現區(qū)劃代碼：411402107（2022年調整）

撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)：撤銷大侯鄉(xiāng)，新設大侯鎮(zhèn)，現區(qū)劃代碼：411425112（2022年調整）

撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)：撤銷大仵鄉(xiāng)，新設朱襄鎮(zhèn)，現區(qū)劃代碼：411424110（2022年調整）

撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)：撤銷老王集鄉(xiāng)，新設老王集鎮(zhèn)，現區(qū)劃代碼：411424111（2022年調整）

撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)：撤銷老顏集鄉(xiāng)，新設老顏集鎮(zhèn)，現區(qū)劃代碼：411421112（2023年調整）

撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)：撤銷河堤鄉(xiāng)，新設河堤鎮(zhèn)，現區(qū)劃代碼：411422108（2023年調整）

撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)：撤銷匡城鄉(xiāng)，新設匡城鎮(zhèn)，現區(qū)劃代碼：411422109（2023年調整）