明清兩代,北京藥王廟最著名的有四座,最大的是南藥王廟,建于明末,相傳為武靖侯李誠銘出資為大太監(jiān)魏忠賢建的生祠。藥王廟鼎盛時期占地二百多畝,有廟房近二百間。西部是寺廟,山門門額鐫刻“敕封藥王廟”,包括藥王殿、配殿、玉皇殿、三清殿。東部主要為道教建筑,包括呂祖殿、文昌殿、真武殿、戲樓、藥王寢宮、配殿等,建筑考究,廟內(nèi)青石為基,青磚砌墻,磨磚對縫,雕梁畫棟,雄偉莊重,供奉伏羲、神農(nóng)、黃帝、孫思邈、韋慈藏,還有“三皇治世”以來的諸代名醫(yī)。藥王廟舊址現(xiàn)改建為北京市第十一中學,東部建筑多已拆除,西部除山門以外主要大殿及配殿至今尚保存完整。
藥王廟藥王殿中供奉伏羲、神農(nóng)、黃帝塑像及藥圣孫思邈、藥王韋慈藏,大殿兩側(cè)分別站立十大名醫(yī),東配殿供馬王爺和龍王爺,西配殿供月下老人;玉皇,供奉玉皇大帝,東站立四大天王,西列兵器,東配殿供斗母娘娘,西配殿供奉九位圣母(天仙圣母水佑碧霞元君、眼光圣母惠照明目元君、子孫圣母育德廣嗣元君、痘疹圣母立毓隱形元君、斑疹圣母保佑和慈元君、送生圣母錫慶保產(chǎn)元君、催生圣母順度保幼元君、乳母圣母哺嬰養(yǎng)幼元君、引蒙圣母通穎導幼元君);三清殿,正中供奉玉清元始天尊、上清靈寶天尊、太清太上老君,兩側(cè)分別供著道教所信奉的其他十幾位天神。三清殿兩側(cè)設有配殿,院內(nèi)東、西兩邊立著30余座石碑,碑文分別為修建各大殿時知名人士的題詞和題記。在三清殿正西,并排而立的還有一座二層小樓,樓下是關(guān)公殿,樓上為唐明皇殿。
舊時南藥王廟每逢初一、十五兩日有廟會。在明末清初時,藥王廟香火極盛,元旦、除夕徹夜不斷,而以每年的農(nóng)歷四月二十八日最為熱鬧。這一日是藥王誕辰日,從四月中旬開始,進香拜神者就蜂擁而至,有的甚至擠不進廟門,于是藥王廟就在廟外神路街設香池數(shù)處,供香客們焚香遙拜。