云黃連是傳統(tǒng)中藥黃連的主要品種之一，具有悠久的藥用歷史。早在2000多年前的秦漢時(shí)期，我國(guó)第一部藥學(xué)專(zhuān)著《神農(nóng)草本經(jīng)》就將黃連列為上品。并有“味苦寒，主熱氣目痛，明目，腸澼腹痛下痢，婦人陰中腫痛。久服令人不忘”之記載。此后，歷代本草書(shū)籍皆有不同記述。明代蘭茂《滇南草本》載：“滇連，一名云連。人多不識(shí)。”，“黃色根，連接成條。此黃連功勝川連百倍。氣味苦，寒，無(wú)毒。”“入心經(jīng)兼入肝、膽、脾，大腸經(jīng)。清火，除濕，消痞塊，止痢疾。”《清宮醫(yī)案》將云黃連列為極品，提倡使用本種。20世紀(jì)30年代編纂的《纂修云南上帕沿邊志》載：“帕屬黃連產(chǎn)于碧羅、高黎兩大雪山之上，為本屬重要藥材，……”《中華人民共和國(guó)藥典》亦將其列為規(guī)定的黃連藥材之一，為國(guó)家二級(jí)保護(hù)植物，也是常用的名貴中藥材之一。

云黃連是臨床大宗常用的中藥材之一，其中含有的小檗堿、黃連堿、藥根堿、木蘭花堿等大量生物堿，以及阿魏酸、黃柏酮、黃柏內(nèi)酯等成分，具有抗細(xì)菌、抗病毒、消炎利膽、解熱健胃、鎮(zhèn)靜降壓、抗胃潰瘍、抗腫瘤、降血糖等作用，對(duì)幽門(mén)螺桿菌有較強(qiáng)的抑制作用，可使胃腸平滑肌興奮，能健胃消食、擴(kuò)張血管、保護(hù)心肌、糾正心律失常、改善心功能，同時(shí)還有降血脂和抗血小板聚集等功效。云黃連廣泛應(yīng)用于急、慢性腸炎，痢疾、上呼吸道感染、各種癰腫、膽囊炎、燒傷、高血壓病、心律失常、充血性心力衰竭、腦卒中、糖尿病，急、慢性肝炎，胃炎、胃潰瘍等疾病的治療。根據(jù)《全國(guó)中成藥品種目錄》統(tǒng)計(jì)，以黃連作原料的中成藥品種有黃連上清丸、復(fù)方黃連素片、加味黃連片等108種。

福貢云黃連因主要藥用有效成分小檗堿含量（6.55-7.24％）明顯高于其它黃連，被稱(chēng)為黃連中的“極品”。福貢云黃連是福貢縣最具獨(dú)占性的地道藥材，為云南省大宗名貴地道藥材品種，二〇〇二年云黃連被云南省創(chuàng)新辦列為30個(gè)“云南省重點(diǎn)發(fā)展稀缺藥材品種參考名錄”之一。